การใช้แบคทีเรียในการบำบัดจะเป็นแนวทางใหม่ในการรักษามะเร็งในวงกว้าง แต่ก็มีความท้าทายหลายประการ โดยเฉพาะอย่างยิ่ง ความเป็นพิษของมะเร็ง แบคทีเรียเหล่านี้มีชีวิตและสามารถแพร่กระจายภายในร่างกายต่างจากยาแผนโบราณหลายชนิด พวกเขายังถูกตรวจพบโดยระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายว่าเป็นสิ่งแปลกปลอมและเป็นอันตราย

ทำให้เกิดการตอบสนองต่อการอักเสบสูง แบคทีเรียที่มากเกินไปหมายถึงความเป็นพิษสูงเนื่องจากการอักเสบมากเกินไป หรือการกำจัดแบคทีเรียอย่างรวดเร็ว แบคทีเรียที่น้อยเกินไปหมายความว่าไม่มีประสิทธิภาพในการรักษา ในการทดลองทางคลินิก ความเป็นพิษเหล่านี้แสดงให้เห็นว่าเป็นปัญหาสำคัญ โดยจำกัดปริมาณที่เราสามารถให้ปริมาณแบคทีเรียและทำให้ประสิทธิภาพลดลง การทดลองบางฉบับ ต้องยุติลงเพราะพิษร้ายแรง